2. 目前的分娩方法可以诱导胎儿在刚出生后呼吸氧气，而这有助于胎儿的健康。但是在水中分娩的时候，胎儿刚出生时是在水中的。也就是说，胎儿在适应呼吸的过程中很有可能会遇到不可预测的变数。稍一失误，胎儿就会因呼吸困难而出现大脑麻痹、低能儿、学习障碍等症状。
3. 根据水中分娩的技术要求，在实施水中分娩之前，孕妇要先进行灌肠，然后才会泡在水里，而这是有副作用的。因人体构造的原因，孕妇的灌肠不可能很彻底，而如果没有彻底灌肠，就会造成水污染，这对胎儿的坏处也是很大的。
4. 在胎儿刚出生的时候，如果是在水中分娩的话就有吃到水的可能。水中分娩强调的安乐感、促进血液循环等优点都是一时性的。稍有不慎，胎儿就会出现肺炎或心脏功能性障碍，甚至会有溺死的可能。
5. 水中分娩方式对准妈妈的体力和健康产生的副作用。准妈妈在分娩的过程中已经很累了，但她还要在冷水和温水中来回，因此有可能会加深疲劳度。如果产妇出汗太多，很有可能会出现水分不足的症状。另外，准妈妈在水中呆久了，阴道很有可能会吸收水中的污染物质，从而引起阴道感染。
6. 有部分医院没有采用专业的水中分娩设备，也没有经过专业的操作培训，有可能发生不该出现的意外。
不是所有医院都能开展水中分娩
尽管水中分娩对准妈妈来说确实很诱人，但不是国内所有医院都能开展的，因为这种生产方式也存在着风险。由于水中分娩对设备技术要求比较高，对孕妇和婴儿有一定的感染风险。另外，有心脏病、胎膜早破或有其他并发症的产妇都不能采用，所以必须有经过专业培训的医生和具有专业设备的妇产医院才能开展此项技术。
首先，新生儿肚脐以上的身体露出母体，胸腔的呼吸机构就开始工作，如果这个时候婴儿还在水中，可能将会带来严重后果。后果最严重的是，甚至有新生儿在水中分娩时几乎被溺毙，出现中重度的呼吸问题。这需要引起重视。因此，婴儿出生后在水中的停留时间不能超过一分钟。
另外，从准妈妈身体里流出的血液和分泌物还可能导致细菌感染。
