体内缺镁
孕妇反复呕吐、长期腹泻或镁摄取量不足，均可造成体内缺镁，胎儿死亡率及先天畸形发生率增加，故应多食含镁丰富的食物，如芝麻、大豆、海带、玉米、菠菜、黄花菜、黑枣、香蕉等。
缺乏微量元素
现已证明，孕妇缺锌可使胚胎发育减慢，各组织器官分化紊乱导致畸形，其中尤以中枢神经系统畸多见，故孕妇每日饮食供锌量应维持在25毫克左古。含锌较丰富的食物有鱼，瘦肉、动物肝肾、花生、蛋、奶制品、芝麻、大豆、核桃、糙米、粗面粉等。孕妇缺铜可使生下的婴儿有大脑萎缩、骨骼变形、心血管异常等先天缺陷，故应多吃些动物肝、猪肉、大豆、芝麻、虾、糙米等含铜丰富的食物。胚胎10一18周是神经系统发育的发育时期，此时缺碘可致甲状腺激素合成不足，会造成神经系统发育缺陷。
药物缺陷
目前已知约有2%到3%的先天性畸形是由药物所引起的，容易引起畸形的药物包括男性荷尔蒙、酒精、某些抗生素(如四环霉素)、抗凝血剂、抗癌药物、镇定剂等，但不是所有的上述药物一定会造成胎儿畸形，机率有高有低。
这些药物影响所造成的畸形不尽相同，但常发生在脑部、心脏血管、颜面和泌尿生殖系统。先天性的胎内感染，也是造成畸形的另一个主因，如德国麻疹、梅毒等。德国麻疹的胎内感染率及致畸形率在前三个月极高，常导致白内障、心脏病及听觉异常，在胎内感染中，最常见的是滤过性病毒(如此上二者)，但目前尚未发现有滤过性病毒引起的流行性感冒，导致先天性胎儿畸形的病例。
化学物质的污染
另外化学物质的污染，例如铅、汞等，均是常见的畸胎原，易导致胎儿生长迟滞，神经系统及智力上的障碍。这种污染常见于工业废水污染河川，但这种化学物品的中毒，均是长时间累积而造成的，孕妇大可不必过分担忧。
放射线
放射线的暴露，也是孕妇担忧的另一种畸胎原，其致畸形的效应常视放射线的剂量而定。一般的胸部X光照射，并不足以引起胎儿畸形，但累积的剂量越多，或照射的部位越靠近子宫的话，畸形的危险性越高。
咖啡或茶所含的咖啡因及电脑显示器的辐射量，是否会造成畸形，目前均尚未被证实。
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