内分泌疾病
睾丸是一种内分泌器官，主要产生雄性激素，而身体上许多指挥内分泌的器官，如脑垂体、肾上腺、丘脑下部等出现疾病，都会干扰睾丸的功能，引起睾丸萎缩。
药物影响
长期服用某些有毒性药物，例如砷剂，或者反复使用对抗雄激素的雌激素类药物，例如乙芪酚等，都会引起睾丸萎缩。
某些疾病
睾丸萎缩的原因可能是精索静脉的郁滞、阴囊温度较正常人为高、睾丸营养障碍以及毒素等原因所致。如精索静脉曲张，有时也可造成睾丸萎缩、男性精索里的静脉因某种原因所致的回流受阻，可发生蔓状盘曲扩张，称精索静脉曲张。在男性不育症中，有精索静脉曲张的，约占15%～20%。严重的精索静脉曲张不育者的睾丸一般多有萎缩现象。
后天性睾丸萎缩多由于创伤、睾丸疾患及感染所引起。睾丸受到闭合性外伤，可造成睾丸出血及梗死。铁钉、铁丝等锐器也可刺伤睾丸。外伤还能引起精索扭转而阻碍血液供应，并危及睾丸的存活。故睾丸损伤应及早治疗。
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