下列则是引起阴茎疼痛较不常见的原因：
1.阴茎癌—要辨认阴茎癌并不困难，从器官的表面就能看得出形成病变的组织。除非是受到感染，否则阴茎癌通常都不会引起疼痛，治疗这个病的方法是实行外科手术。
2.现在已经广泛地使用人工弥补术来治疗阳痿，即以外科手术将管子植入阴茎组织中，使阴茎可以藉此装置顺利勃起。如果弥补术确能达到良好的功能，患者就能重享圆满的性生活，但是这种人工植入的管子常常会受到感染而引起阴茎疼痛。
3.如果我说眼睛发红及关节疼痛是与阴茎的不适有关联的，你信不信?这种看似不可能的并发症状称为赖透性症候群，是一种因身体免疫系统失调所导致的病症(在前面讨论关节疼痛的章节中，我曾提到过这一现象)。因此，如果阴茎会痛而且流出分泌物，又有轻微的发烧，关节也会痛，那么请到镜子前看看自己的双眼，如果双眼发红，那么就可以依此诊断出自己的毛病了。通常几个星期之后这些症状就会自行消失，不需要任何治疗。
4.有时很矛盾的是，阴茎的疼痛竟是源自于享乐——因为勃起所导致的疼痛。当血凝块在勃起阴茎的动脉里形成时，就会阻止血液从阴茎流出以通往身体其他部位去，如此一来，使得阴茎勃起维持的时间远远超过需要或是希望的程度，就会形成剧烈的疼痛。这种被称为持久勃起(异常勃起)的情形，通常需要以手术来疏解阻塞的状况。一般以患有白血病(白血球过多症)及镰刀状细胞性贫血症(SickleCellanemia)之类的血液沉淀疾病患者最常发生这种状况(但是在健康状况良好的人身上，也可能会发生)。
5.另有一种更普遍而常见的原因会造成阴茎勃起时疼痛——北洛尼氏病(Peyronies’sDiseas)，这种毛病指的是在阴茎里有结疤组织形成(至今仍查不出原因为何)，若罹患这个病则阴茎勃起时会变弯曲，造成性交困难，或者甚至根本无法进行性交。一般以外科手术就能改善这种状况。
有阴茎疼痛的患者要先到正规的专科医院进行检查，查明引发阴茎疼痛的原因，要积极的配合专家进行治疗。
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