临床上我们一般以外治方法治疗肛门疣。
(1)外敷法：对于初发较小的疣可用强腐蚀剂，外涂除去，如石炭酸、三氯醋酸等。也可用鸦胆子捣烂外敷涂患处。现在我们常用氟尿嘧啶外涂，对于初起较小的肛门疣有效。
(2)熏洗法：马齿苋50克、土茯苓50克、苦参50克、大青叶30克、板蓝根30克、苡仁30克，布包扎后煎水熏后外洗。每日2—3次。熏后再用该药坐浴20分钟。
(3)注射疗法：用争光霉素125毫克在患部注射，每周2次。清痔灵原液在疣的中央部注射，也有较好的效果。
(4)手术、激光疗法：对于较大的，发展快的肛门疣应行手术治疗，并最好作病理检查以防癌变。激光治疗是目前治疗肛门疣最为理想的一种疗法。具有时间短，出血很少，不产生瘢痕，保证了局部器官组织的正常生理功能及复发率低的优点。
