男性不育常见病因有两种：生殖构造影响射精能力和精子本身存在问题，后者更常见。男性生育研究相对要晚于女性方面，但是，现代医学对男性生育的了解已日趋完善，尤其是精子的重要作用。
精子问题
精子是非常脆弱的细胞。它们耗时7周成熟，但在生长过程中极易受外界影响而发生变化。因此，不同时间提取的精子样本，其质量和数量区别会很大。
睾丸功能障碍 导致睾丸功能障碍的病因较难预料，可能是染色体问题（如克氏综合征，即患者体内有两条或多条X染色体，而不是一条染色体），可能是睾丸先天悬吊、睾丸受到外创，甚或青春期腮腺炎而继发睾丸炎。
解剖学因素
射精
约有1%的男性在性高潮时无射精，病因是逆行射精（“干性射精”），即精液被逆向射入膀胱，而不是向前进入阴茎。
阴襄
可能是睾丸鞘膜积液（具润滑作用的液体过量积累在睾丸内）或精索静脉曲张（阴囊和两侧睾丸静脉胀大）。这两种病因都会提升睾丸内温度，从而阻碍精子生产。
输精管堵塞
两条输精管（睾丸到精囊的通道；睾丸生产精子，精囊储存精子）中的一条或两条全部堵塞，精子难以或无法从睾丸中出来。输精管堵塞也许是先天的，也许受后天感染（比如淋病）。
