对于任何通过性传播的疾病，最好的办法就是杜绝一切不良的性行为，注意个人卫生，生殖器疱疹也是如此。无论是男用安全套，还是女用的安全套，不但都能起到避孕的作用，而且还能起到预防某些性病的传播作用。特别是男性应用的阴茎套的使用，其预防作用更明显。
对于已经感染单纯疱疹病毒，但是又没有明显症状，且处于病毒感染发作期时，此时如果不经任何保护措施，很容易就会发生感染，所以使用安全套方法进行预防感染是十分必要的。
如果出现了生殖器的损害，则不能100%避免单纯疱疹病毒的传染，其主要原因在于通过身体其他部位的皮肤接触，也是有被传染的可能，所以应完全避免性行为。
此外，也有人用壬苯醇醚9这种避孕药膏来预防生殖器疱疹，其原理是因为壬苯醇醚9是一种杀精子的外用避孕药，在体外可以对单纯疱疹病毒进行灭活，所以有一定的预防作用，但是需要注意的是，它并不能起到治疗的作用。
