以往曾经认为细菌性阴道炎没有什么后遗症，但是现在发现它在孕妇可能会造成羊水感染、早产、产后发烧，如果做妇科手术也较易发生感染或是子宫内膜炎的现象，近年来也发现它可能与子宫颈炎或细胞变性有关；同样的，滴虫也可能会造成孕妇早期破水，所以如果有上面提到的症状，一定要检查及治疗，而且最好在怀孕前就把它们治好。通常你到妇产科就诊时，医师可以跟据症状、分泌物、胺试验、阴道酸碱度或显微镜检查区别这两种疾病。
治疗这两种感染倒是有点类似，Metronidazole这种抗生素对它们都有效，疗效也很好，口服、塞剂、或是凝胶都可以，但是滴虫感染最好用口服的方式，因为病菌常常会潜伏在尿道或是旁边的腺体中，口服治疗比较完全，以免易复发，同时男伴也要治疗，免得滴虫造成你传给我，我传给你的“乒乓感染”，要注意的是在怀孕前三个月，最好不要用这种抗生素。
这两种感染也常有复发的现象，通常可以再用同样的方式治疗，或者加长疗程。滴虫感染只要男伴有治疗，治疗期间不喝酒、不吃辛辣的食物，维持单纯的性关系，要治愈不难，但是细菌迷人时真的是无法找到一再复发的原因，由于我们知道这些病人的阴道乳酸菌保护力下降，所以现在也有一些以乳酸菌制成的塞剂，希望达到重建阴道健康环境的目的，效果如何，还有待时间的验证。
