因为口服药物已对宫内环境造成影响，很有可能会使胚胎受到损伤。如果孕妇本人要求继续妊娠，应于妊娠6～8周时取绒毛组织进行染色体检查；孕妇在16～20周行羊水穿刺术，抽取羊水进行羊水细胞的染色体检查。
同时尚需动态观察母体血中的甲胎蛋白的含量，注意B超下的胎儿大体形态和内脏结构是否异常，一旦发现异常应及时终止妊娠，以免缺陷儿的出生。
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此外，长期使（第二代）用口服避孕药在计划怀孕时，以停药（3～6）个月后再受孕为妥。
大规模的流行病学调查研究表明，服用第三代口服避孕药因服药方法失败而导致怀孕，并不会增加胎儿的致畸率，且停药后可以立即怀孕，无需等待3～6个月，不会影响胎儿的健康。
