三文鱼等鱼类的安全风险主要来自于四个方面：重金属污染、生物毒素、寄生虫以及致病细菌。
重金属污染由鱼类生长的水质决定，而生物毒素由水体中的一些藻类和真菌产生。它们由鱼的来源决定，后续加工处理的影响不大，生吃熟吃也就没有多大差别。所以，避免这两方面的风险，只能通过鱼的正规来源来保证。
三文鱼可能感染的寄生虫有多种，最常见的是异尖线虫。如果一次吃下去的量比较大，会产生急性食物中毒;即使吃得少，也可能导致人体今后对线虫过敏。
作为在冷水中生长的寄生虫，异尖线虫并不难杀灭。比如在60度之下，它们会被秒杀。但对于喜欢生吃的人来说，加热到这个温度都是无法接受的，也就只能通过低温来冻死它们。作为比细菌高等一些的动物，它们的确可以被冻死，只是需要的条件稍微严苛了一些。欧盟规定，鱼必须低于零下20度储藏24小时以上，才可以用于生食。他们认为，这样的处理可以充分杀死这些寄生虫。美国没有强制规定，只有推荐性的“操作指南”。而这个推荐比欧盟的要求还要严格得多，是零下20度7天以上，或者零下35度15小时以上。
显然，与欧盟的要求相比，美国的指南以可以更充分地杀死线虫，但是其操作难度比较大可。欧盟的要求要更容易实现，一些线虫存活率与储存温度时间的实验显示，这一要求也可以获得相当高的安全性。日本没有这方面的规定，而喜欢生食的人又多，所以日本吃生鱼感染寄生虫的病例就要远远多于欧洲和美国。
