妊娠期妇女一旦得了尿路感染，必须使用有效的抗菌药物进行治疗。在治疗该病时谨慎用药是应该的，但并不是任何西药都不可以用。其治疗原则是在该病的急性期要进行合理的治疗。
临床医生在给该病患者用药前应做尿液细菌培养、菌落计数及药物敏感试验。当然，要禁用对孕妇和胎儿有害的药物。理想的药物应该是既安全又有效。有些药物对孕妇有利而对胎儿可能不利，对这类药物应尽可能不用，但当孕妇急需此类药物时也应权衡利弊酌情使用。在使用此类药物时，也可采用较小的有效剂量与较短的有效疗程。
目前，大部分医生对妊娠期尿路感染患者的用药十分谨慎，唯恐用药不当而引起畸胎。为此，有些医生选用以下三种方法对该病进行治疗：一是“吊盐水”，目的是通过给孕妇注射盐水增加其排尿量，从而减轻其尿频、尿急等尿路刺激症状；二是给孕妇服用中草药，理由是中草药比较安全，几乎无毒副作用；三是当孕妇的病情无法控制时，则劝其转院治疗。
无疑，这几种做法都是不可取的。例如，使用“吊盐水”的方法虽然可以增加孕妇的排尿量，起到冲刷尿道、抑制尿道细菌增殖的作用，但患者尿道的致病细菌并不会被消灭，患者的尿频、尿痛的尿路刺激症状也不会从根本上消除。而且，“中药无毒”的说法也不科学。如果对该病治疗不当可使患者的病情由急性转为慢性，其预后则非常不好。
临床实践证实，在妊娠期间，孕妇体内的各系统会发生一系列的变化，尤其是其子宫的增大会导致其输尿管受压，容易引起肾盂积水。由于某些生理原因，孕妇还会出现无症状的“妊娠期菌尿”，这也是其发生肾盂肾炎的重要基础。据统计，孕妇发生妊娠期肾盂肾炎的是概率是0.5%～0.8%。
诊断该病的传统标准是：患者每毫升尿液的菌落数达到10万时才可被诊断患有尿路感染。目前则认为有症状的该病患者如其中段尿的培养菌落计数大于1万/毫升，而且是单一菌种，或出现了膀胱刺激症状的该病患者，其尿中的菌落计数大于1千/毫升，也可被诊断患有尿路感染。
目前临床上治疗尿路感染的常用药物有：
①氨基糖甙类：如庆大霉素、丁胺卡那霉素。这些药物可损害胎儿的听神经，从而可引起胎儿的先天性耳聋，故此类药物不宜给孕妇使用。
②复方新诺明：此药在孕妇妊娠16周以前使用可能会导致畸胎，如在孕妇临产前2周时使用，可能会引起新生儿核黄疸。故此药只适合孕妇在妊娠中期使用。
③呋喃坦啶：该药对个别使用者可引起溶血性贫血，但是该副作用发生率较低。故该药一般可以给孕妇使用。
④氨苄青霉素：对青霉素不过敏的该病患者可以使用。
⑤头孢菌素类：此类药物属于安全类药物。第一代头孢菌素（如头孢拉定）疗效较差；第二代头孢菌素对尿路感染的疗效甚好，但对青霉素过敏者要慎用。
⑥喹诺酮类：目前使用的第三代喹诺酮类药物有氟哌酸、氟嗪酸、环丙氟哌酸和左氧氟沙星。喹诺酮类药物使用方便，对尿路感染的治疗效果好。但是动物试验表明，氟哌酸可引起幼犬和胎鼠的软骨损害，故学者们普遍认为该药不宜给孕妇和儿童使用。
不过，近年来国内外对该药的试验表明，用氟哌酸治疗患有尿路感染的孕妇和儿童并没有发生不良反应，而且许多患儿在用药后已被长期随访至15岁，对其长骨进行X线摄片也没有发现其软骨受损。故许多学者认为，可以给患有尿路感染的孕妇使用此类药物，但使用时要慎重，要注意使用的剂量。
