小阴茎治疗方法有一定改进。但是，雄激素的替代仍然是主要的治疗方法。由于给患者体内提供了足够的睾酮，将刺激阴茎的发育，并不影响骨髂的生长和闭合。Aller推荐的治疗方法为每3周口服睾酮25mg，总量不超过100mg。应通过治疗前、后的阴茎长度测量（耻骨至龟头）评价治疗效果。应从一岁开始治疗。目的是使患儿生殖器官发育与身体增长保持一致。如患儿阴茎生长比较同龄儿童差，应重复上述治疗。对伴有睾丸下降不全的患儿，应在2岁前行睾丸下降固定术。亦可应用LHRH，促进阴茎的发育和睾丸下降。
一、阴茎悬韧带切除术
这项手术的原理是：从人的体表外观看到的阴茎只是阴茎的一部分，阴茎的另一部分隐藏在耻骨下面的组织内，由阴茎悬韧带固定。当切除阴茎悬韧带后，让这一部分的阴茎也外露出来，从而延长阴茎。资料显示，在治疗阴茎发育不良症者1347例病案中，84%的患者阴茎可延长3至5厘米。国内外医学界普遍认为，这种手术操作安全，病人痛苦少，费用不高，便于推广应用，在重建阴茎这一技术领域中，是目前最好的方法。
二、阴茎带蒂皮瓣移植术
阴茎带蒂皮瓣移植术又叫自体真皮脂肪瓣移植术，是增粗阴茎的有效方法。阴茎带蒂皮瓣移植术最先在国外开展，近年推广到国内。
阴茎带蒂皮瓣移植术增粗阴茎的方法是：用取自自身的皮肤组织，去除表皮，保留真皮和脂肪，移植到阴茎上，增粗阴茎。为保证移植成功，手术要分步进行：先从自体供区（腹股沟或臀部或大腿根部）取皮肤，制作带蒂皮瓣。“带蒂”的意思是指并不完全切除皮肤，而是保留部分内含有血管供应的“蒂”，保证皮瓣的成活，制成“带蒂皮瓣”确定“带蒂皮瓣”成功准备、存活后，进入第二步。切除表皮，保留真皮和脂肪，移植到阴茎上。此时仍然需要保留含有血管供应的“蒂”，直到确认移植组织成功在阴茎形成新的血管供应，移植组织成功存活，不再需要“蒂”提供血管供应后才能切除“蒂”，完成整个手术。
对于小阴茎的治疗应该从根源上解决，由于我国是个比较传统的国家，所以在治疗生理机能方面都感觉到有很大的限制，那么只要大家怀着一颗积极的心态去面对医生的治疗，就能够及时的消除疾病所带来的困扰，回归到我们正常的美好生活。
