在古代相对落后的医疗技术条件下，阉割手术的死亡率是相当高的。明代天顺年间，镇守湖广贵州的太监阮让，一次精选了虏获的苗族幼童１５６５人，将他们统统阉割，准备悉数送呈朝廷。但由于手术太残酷及医疗技术条件太差，在阮让自阉割幼童到奏闻朝廷这短短的时间内，幼童疼死、病死者竟达３２９人。后来，阮让又重新买了一批幼童加以阉割，以补上死亡之数，送呈朝廷。阮让前后共计阉割幼童１８９４人，死亡率接近２０％。如此集中而大量的死亡，显然同阉割手术失败或手术后的并发症有关。
历代古籍对阉割手术的具体情形大致上都记载得很是简略。清朝末年，一些来到中国的欧洲人对迥异于西方的中国宫廷文化产生了浓厚的兴趣，并较为详细地描述了当时的阉割手术情形。但这些描述多为道听途说，远不及清末宫廷宦官以切身经历为基础的回忆详细，其可靠性也值得怀疑。据清末宦官回忆，北京城有两个赫赫有名的阉割世家，号称"厂子"：一是南长街会计司胡同的毕家；另一是地安门外方砖胡同的"小刀刘"。主持其事者都是得到朝廷认可的家族世传，六品顶戴，称"刀子匠"。两家据说各有绝招，但技艺绝不外露，只是父子相传。
净身需要选好季节，最好在春末夏初，气温不高不低，没有苍蝇蚊子，因为手术后约一个月下身不能穿衣服。净身者在手术前都需履行必要的手续，其中关键是订立生死文书，并需请上三老四少作为证明人，写明系自愿净身，生死不论，免得将来出麻烦吃官司。费用自然是要收取的，但净身者多来自贫困之家，一时或许拿不出很多银子，因而可以待进宫发迹后再逐年交纳。这些也需要在文书上写明白。但有两样东西是必须带着的，一是送给刀子匠的礼物，一般是一个猪头或一只鸡，外加一瓶酒。二是手术所用的物品，包括三十斤米、几篓玉米棒、几担芝麻秸及半刀窗户纸。其中，米是净身者一个月的口粮，玉米棒烧炕保暖用，芝麻秸烧成灰后用来垫炕，窗户纸则用来糊窗子，以免手术后受风。刀子匠要准备两个新鲜的猪苦胆、臭大麻汤和麦秆。猪苦胆有消肿止痛的作用，手术后敷在伤口处；臭大麻汤的功用很多，手术前喝一碗让人迷糊，起麻醉作用，手术后再喝，让手术者泻肚，以减轻小便的排泄量，保证手术成功；麦秆的功用不言自明，即手术后插入尿道。
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