手术过程中，除了主刀者外，一般还需三四名助手。被阉割者都需采用半卧姿势仰倒在床位上，几位助手将他的下腹及双股上部用白布扎紧、固定，然后有人负责按住其腰腹部，另外的人则用"热胡椒汤"清洗阉割部位，加以消毒。用于阉割的手术刀是一种呈镰状弯曲的利刃，据说是用金与铜的合金制成，可防止手术后感染，但使用时通常并没有特别的消毒措施，在火上烤一下，便算是消毒了。这一切完成后，主刀者即用镰状弯曲的利刃，对被阉割者的阴茎连同阴囊进行切除，通常分两步：第一步是割睾丸。在球囊左右各横割开一个深口子，把筋络割断以便把睾丸挤出来。这需要阉割者身子打挺，小肚子使劲往外鼓。待用全身的力气把睾丸挤出来，刀子匠会把片好的猪苦胆贴到球囊左右两边。
第二步是割阴茎。这需要相当高的技术，割浅了会留有余势，将来里面的脆骨会往外鼓出，就必须再挨第二刀，即宫里俗称的"刷茬"；如果割深了，将来痊愈后会往里塌陷，形成坑状，解小便时呈扇面状，一辈子不方便。宫里的太监十个有九个都有尿裆的毛病，这就是阉割的后遗症。阴茎割除后，要插上一根大麦秆，然后把另一个猪苦胆劈开，呈蝴蝶状地敷在创口上。据说也有的是用栓状白蜡针插入尿道，并用冷水浸湿的纸张，将伤口覆盖包扎。这大概是净身场所不同而出现的技术性差异。
被阉割者在手术后必须由人架持搀扶着在室内遛二至三个小时，然后方可横卧休息。手术之后的三天，是被阉割者最难熬的时光。在这三天里，他们躺在特制的门板上，双手、双腿都被套锁牢牢地捆住，根本不能动，目的主要是避免触摸创口，以免感染。门板中间还留有带活板的小洞口，大小便时用。当时也没有太好的止痛消炎手段，为了避免伤口感染要严禁饮水，可谓是痛苦异常。待三天后白蜡针或麦秆拔除，尿液能够排出，手术即告成功。然而苦难并没有过去，最重要的是抻腿，每抻一次都痛得心肝碎裂、浑身发颤，但这对阉割者来说是必须的，否则可能导致腰佝偻，一生都不能伸直，所以只能忍受这种剧痛。此后的调养期仍需百日左右。
每一个被阉割的男人，都毫无例外地经历过一番惨痛的折磨。这一过程是如此的残酷，如此的痛苦，以至于那些惨遭阉割者终其一生都对此记忆犹新。清末太监马德清曾在晚年回忆道：
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