龋齿智齿的阻生或错位易使食物残渣嵌塞在第二磨牙与智齿的牙间和牙周缝隙中，很不容易清除，常发生龋齿。据调查;下颌第二磨牙牙颈部平均龋患率为16.4%，不同年龄阶段龋患率有显著不同，20岁时仅为3.7%，50岁则高达27%。可见，拔除阻生或错位智齿是预防第二磨牙龋坏的关键，而且对已发生的较浅的龋变也可能使其不再发展。
牙列不齐14-18岁是智齿萌生的最活跃时期，但因颌骨骨量与牙量间的不平衡，可供智齿萌出的空间是有限的。因此，智齿萌出运动的推动力常是造成牙齿拥挤和排列不整齐的主要原因之一。这种萌出运动的持续推动力只要有4～5克，就足以对第二磨牙产生影响。因此，第二磨牙发生错位，扭转等较为多见，约占牙颌畸形患者的20%左右，其中约有80%发生在下颌第二磨牙;以青少年居多，女性约是男性的1.6倍，第二磨牙的错位，会使上下方的咬 颌接触面积减少，人的咀嚼功能明显降低。
邻牙及支持组织的吸收下颌智齿的牙胚在发育过程中，牙的长轴本来是向前方倾斜的，只是在有足够下颌发育时才逐渐直立萌出，当萌出过程中受阻于第二磨牙时，该处就会产生附着第二磨牙牙根表面的毁齿细胞。毁齿细胞可释放出溶蛋白酶而使牙根逐渐吸收，严重者可使下颌第二磨牙远中牙根完全吸收。而且阻生智齿与第二磨牙间常存在的慢性牙周炎也会造成牙槽骨的炎症性吸收。
